建武二十七年（51年），去“大”，称司徒。司徒领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属三十一人。
司空
负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务。与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。参考：《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（51年）去“大”，称“司空”。汉献帝建安十三年（208年），改司空为御史大夫，职掌不变，不领御史台，与前代御史大夫仅仅是名称相同而已。司空领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
九卿
东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
将军
东汉的将军也是中央政府的重要组成部分，有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前、后、左、右将军。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公下。前、后、左、右将军，位在九卿下，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅三公合称为五府。
以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。另有所谓杂号将军，临事设置，事毕即撤。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱，自永平八年（65年）后常设。汉灵帝设西园八校尉，统率洛阳驻防军队，以宦官主之，这是后世宦官领兵的开端。
详细的中央官制
东汉中央政府的官员分省官、宫官、外官三大系统。内官、外朝的区分古已有之，而在宫廷之中，皇帝日常起居的区域称省中（亦称“禁中”），因此内宫官员中又有宫官与声官的区分。在皇帝身边执役、照顾皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隶属黄门令管辖。
尚书台是皇帝的秘书机关，其官署设在宫廷之内、禁省之外。它的主要执掌是管理章奏文书、起草诏令，但实际上政务都由上书抬代表君主执掌，权力极大。上书台设长官（令）一人、副长官（仆射）一人，下设尚书六人分十八人。沟通上书台与皇帝联系的官员有侍中、中常侍、黄门侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黄门侍郎则由宦者承担。侍中有事才入禁省，中常侍、黄门侍郎则日常居住在省中，因此，虽然三者之中侍中的级别最高、中常侍次之，但与君主的亲密程度，则以中常侍为最。宫内省外的禁卫工作由九卿中的光碌勋与卫尉负责，光碌勋偏于内，卫尉偏于外。光碌勋下属五官、左、右、虎贲、羽林等五名郎将，中郎将以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勋的禁卫力量是郎官，卫尉的禁卫力量是武装卫士，所以，卫尉在宫卫事务中的地位相当重要。
外官主要有三公九卿，他们是中央政府的主要行政官员。
三公指太尉、司徒、司空，他们的品级最高，名义上的职责是辅导皇帝主持国家政务。三公的属官有长史一名，掾属、令吏、御属各二、三十名。其中，长史是三公的主要副手，掾、属是分管具体事务的部门负责人（掾是正职，属是副职），除长史由朝廷任命外，其他属官均由三公自行聘用。
九卿各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。
与九卿级别相当的外官（亦称“列卿”）还有执金吾、将作大匠、大长秋等。其中，执金吾负责宫廷之外、都城之内的治安；将作大匠负责宗庙殿堂、宫室陵园等土木工程，其副手为丞，下属的部门负责亦以令为正职，丞为副职；大长秋主管皇后事物。性质与就卿中的少府类似，由宦者担当。
在军事方面，相当三公的中央高级官员有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军，相当九卿的有前、后、左、右将军，均不常设。其属官与三公相同，唯在长史之下另有司马一人，主管军务；从事中郎二人，职掌参谋，均由朝廷任命。将军直接领兵的，在部、曲、屯等建置上分别设校尉、司马、军侯、屯长等统兵官。
常备军由中央与地方军（郡国兵）组成。中央军中，京师卫戍部队由城门校尉统领，野战部队由北军中侯统领。北军下辖五个兵种的部，番号分别为屯骑（骑兵）、越骑（特种兵）、步兵、长水（水军）、射声（弓箭）。长官为校尉，副职司马。全军总数约五万人不到。北军平十卒驻屯在京城长管君主宿卫、助理首都治安，发生战事就成为组建出征步枪队的核心。地方上的郡国兵经东汉初期多次裁撤、削减，只剩下边郡与内地关隘的少数驻军。遇有战乱，都是临时募兵或抽调京师北军出战。
地方官制
东汉的地方官制与西汉相比较，在郡、县两级是基本相同的，不过郡的重要性和权力较西汉下降很多。在州一级，则有根本性的差异，东汉的州已经演变成为一级地方，凌驾于郡之上。至此，中国古代的地方行政区划由郡县制转变为州、郡、县三级制，一直延续到隋朝“废郡”为止。
州刺史
东汉将洛阳之外的地区划分为十三个州，各遣刺史一人为长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区，称司隶部（汉代州也称部）。
司隶校尉是京官，本职为监察在京百官诸不法事。东汉时，每每退罢三公均由司隶校尉纠劾所致，所以司隶校尉号为“雄职”。皇帝召集朝会的时候，司隶校尉与御史中丞、尚书令三人有单独的席位，称“三独坐”。司隶校尉秩比二千石，属官有从事（近来流行的韩剧中每每出现的从事官就是由此得名）、假佐（假：代理的意思；佐：助手的意思。就是说是可以代行事务的助手）等，另统领一支由一千二百名奴隶组成的武装警察部队，司隶校尉的官名也由此而得。
诸州沿西汉汉成帝制度，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验，可以直接罢免之。改州牧后，兼领军政，位高权重，有点类似于唐朝的节度使，而管辖地域的广阔，又不是节度使所可以相比的。与西汉相同的是，刺史也要周行郡国，刺探政情，年终回京复奏。不过东汉的刺史不必亲自回京，而是派遣属吏向司徒府报送文书而已。
郡国
东汉共设郡国一百零五：王子封国二十七，司隶部属郡七，列郡七十一。除司隶部所辖七郡外，王国与列郡均分隶诸州，其中豫州领郡国六，冀州领九，兖州领八，徐州领五，并州领九，幽州领十一，青州领六，荆州领七，扬州领六，益州、凉州各领十二，交州领九郡。
东汉制度，皇子封王，以郡为国。每国置傅、相各一人。傅主王府事，职如汉朝的太傅；相如郡太守，主政务；相有长史一人，职如郡丞。另置中尉一人，秩二千石，职如郡都尉，是主管军政、缉捕盗贼的军官。
王府置郎中令一人，秩千石，职务和汉朝的郎中令相类似，主管王府的大夫、郎等；仆一人，秩千石，负责王府的车马训练与驾驭；治书数人，秩六百石，职如尚书；谒