第二军团；军团长卢博；副军团长余震东； 卢博与余震东一直以来的心愿就是能驰骋疆场，为国杀敌。此次，在黄旭的授意下，曾国藩对二人做此任命，卢余二人终于是得偿所愿。
第三军团；军团长胡林翼；副军团长罗泽南
第四军团；军团长曾国华；副军团长彭玉麟
第五军团；军团长曾国荃；副军团长曾三
第六军团；军团长吕擎天；副军团长李开芳；其中；副军团长李开芳是太平军将领中的后起之秀；他是曾国藩慧眼识珠；从最低层提拔起来的优秀将领，被委以重任，那是众望所归。而吕擎天则是军中元老，除了所建战功颇多之外，他还曾经与黄旭兄弟相称，也算是黄旭名义上的一个兄长来的，虽然说。他们谁都没当一回事。也没有多少人知道，但毕竟这也是事实，所以，他做这第六军团的军团长也是实至名归。
第七军团；军团长田小二；副军团长东方不惑；黄旭的这两个兄弟；带领特战分队为国征战多年；不但积累了丰富的实战经验；而且。功勋卓著。所以；既然是龙；那就应该放之于大海；任其遨游；所以；黄旭也愿意给自家兄弟一个机会；让他们去建功立业。
第八军团；军团长陈玉成。副军团长罗大纲； 说起来这陈玉成与罗大纲；那也不是平常的人物；此二人都是太平军中著名将领，特别是陈玉成，他有一个绰号。名叫“疯狗”，意思是说，他这人就是个拼命三郎，打起仗来，那是不要命的主。
步骑总计八个军团，的确算得上是军中主力。
步骑军团之后，得到升格的是弓箭手独立大队，弓箭手独立大队升格为弓箭军团；番号为第九军团；军团长由原主将杨宜清升任；原副将吕擎天已升任第六军团的军团长；所以；副军团长由杨宜清的兄弟傅忠信接任。
弓箭军团也是军中利器，太平军中的又一主力。
除了这两大主力之外，还需大书特书的则是可称之为国之利器的火器军团。
由左宗棠统领的火器军团，在原先那一个军团的基础上；又增设了二个军团；总计是组建起了三个军团；司令官仍然是左宗棠；但不设副司令官，一应大事全都由左宗棠说了算。
三个火器军团的番号分别是；第十军团；第十一军团；第十二军团。
第十军团的军团长由李秀成担任；同样不设副军团长。。
这第十军团也就是原先左宗棠率领的那个火器军团的老底子；也是三个火器军团中综合实力最强的一个军团；而李秀成出任这第一军团的军团长也是最合适的，因为，他在出任大内总事务长及九门提督之前，原本就是火器营的主将，对火器那是非常之熟悉，而且，他为将多年，同样是战功卓著，如果让这样优秀的将领去做一个近侍，那不是暴殄天物嘛，黄旭与曾国藩可不愿意这样干。
而李秀成大内及九门的职务则由关唐接任；本来，关唐也想来军中，但黄旭不让，关唐也只好勉强接受了新的职务，不过，黄旭还是答应他，在合适的时候，他会允许关唐到军中效力，这样一来，关唐也就安心地做他的大内总事长及九门提督了。。
第十一军团军团长为李元度；副军团为胡四儿
第十二军团军团长为刘坤一。；副军团为江忠源。
以前的工兵营升格为工程兵特种师；师长官朱衣点；不设副长官。
后勤保障大队扩编为后勤保障军团；军团长余一龙；副军团长段一虎。
特种作战分队扩编为特种作战大队；总计为三千人；直接隶属于黄旭；由黄旭出任总统领；大队下辖三个分队；每个分队再设三个小队；分队长及小队长由黄旭再委派心腹将领担任。
关键的三个分队长分别由李世贤，韦俊，林凤祥担任。这三人也是太平军中的后起之秀；属于完全效忠于黄旭个人的那种将领。
情报处升为情报部；由姚大洪任部长；刘玉华任副部长。
另外；黄旭还特别组建了一支新的军种；名为海军；黄旭明白；如想征服列强；那免不了要漂洋过海；而要飘洋过海，那就少不了海军。先不说其它远一点的国家；就说这一衣带水的倭国；那如果没有海军；想要战胜他们，那是相当困难的，所以；黄旭开始花大力气组建海军。
而出乎很多人意料之外的是，他将这个组建海军的重要任务交给了他手下的两员文官，李鸿章与骆秉章。
很多人都觉得黄旭这样的任命是晕了头，但是，黄旭却清醒的很。
其实；黄旭以前也还真不知道这二人有这方面的才干；只是由于一次无意间的谈话改变了黄旭的看法。
那是一次非常普通的庭议，黄旭偶尔提起了海军之事；朝中诸臣大多数都对此抱以冷漠的态度；唯有李，骆二人却是侃侃而谈；而且论道之精辟，让黄旭叹为观止。这事给黄旭留下了深刻的印象。所以。当他下决定意欲组建海军的时候，头脑中马上想到的就是这两个人。
所以；当天国真正准备筹备海军的时候；黄旭毫不犹豫地就认命二人出任海军的两大头目；分别以海军司令及海军副司令的身份全权负责海军的一切事宜。当然；这只是他们在海军中的官位；他们军机大臣的身份还在；还是要协助黄旭处理天国的军国大事。
说起军国大事，那就不得不说说这军机处。
军机处就是相当于后来的中常委；是太平天国的核心管理层；负责处理所有的军政要务。
军机处的人不多；除了军机大臣之外；再就是军机章京，军机大臣；那不用说。主角嘛。而这所谓的军机章京。那就是军机处的小儿科了，说的白一点，就是在军机处为皇帝及军机大臣跑腿的；还有一种说叫做军机行走；当然。能在这当跑腿的，那也不是一般的人物，这腿也不是想跑就能跑的。
军机大臣共有六位，曾国藩；赵小锋；李鸿章；骆秉章；王小勇；诸葛吹灯。
前四人；我们再熟悉不过；都是跟随黄旭许久的老人；而且都是黄旭身边的核心智囊；王小勇就更不用提了；那是黄旭的兄弟；而诸葛吹灯其人；却让人有点陌生了。
说起这诸葛吹灯；还有一段往事。
其实，他是黄旭在一次微服私访的过程中发掘出来的人才。
话说这诸葛吹灯在碰到黄旭之前；只是一介泥瓦匠；一番机缘巧合下；他结识了黄旭，从而得以飞黄腾达。
而这诸葛吹灯是如何认识黄旭的呢，这就要从诸葛吹灯泥瓦匠的身份开始说起，这诸葛吹灯与其他泥瓦匠很是不同，别人砌墙是一块叠着一块的往上砌；简单；成本低而且效率又高；而他却不同；他偏要将墙砌成格子状的玩意；四块砖为一个单元；然后这样慢慢往上砌。
而且；他这人还认死理；有些好心的泥瓦匠劝他说；如果他继续如此做为；恐怕没有哪个老板愿意再请他；可是；诸葛吹灯却不以为然；只要有人请他，他就非得这样干不可；所以，最后的结果可想而知。
结果是什么呢，结果就是；慢慢地；请他砌墙的人是越来越少；最后；诸葛吹灯吃饭都成了问题。
不过；这诸葛吹灯却是个十分乐观的人；不是没人请他砌墙吗；那不要紧；他可以为其他的泥瓦匠打下手；做一些简单的粗活；只求温饱。
所以；很多人见他这样；都笑他；说；诸葛吹灯啊；你这人可不咋地；好好的泥瓦匠不当；却要去干那些粗活；真是个榆木脑袋；但诸葛吹灯听后；却只是笑笑；并不以为意；他想啊；这没什么不好啊；他靠自己的双手劳动；养活自己；又没当寄生虫；别人爱怎么说；就由他去吧。
黄旭听说此事之后；觉得这诸葛吹灯还真有点意思；所以；就与他随便交谈了几句；没想；这一谈不打紧；却谈出问题来了。
原来；这一谈；却是谈出了一个大才。
黄旭在与诸葛吹灯交谈的过程之中；发现这人的确是一个不可多得的人才；对很多事情；有自己独到的见解；更难能可贵的是；他不受外界因素的影响；懂得独立思考；坚持真理。
黄旭需要的就是这种人才。
因此；诸葛吹灯就跟着黄?