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洪武三年，升杭州、江西、燕山、青州四卫为都卫，复置河南、西安、太原、武昌四都卫。四年，造用宝金符及调发走马符牌。用宝符为小金牌二，中书省、大都督府各藏其一。有诏发兵，省府以牌入，内府出宝用之。走马符牌，铁为之，共四十，金字、银字者各半，藏之内府。有急务调发，使者佩以行。寻改为金符。凡军机文书，自都督府、中书省长官外，不许擅奏。有诏调军，省、府同覆奏，然后纳符请宝。五年，置亲王护卫指挥使司，每府三护卫，卫设左、右、中、前、后五所；所，千户二，百户十。围子手所二；所，千户一。七年，申定兵卫之政，征调则统于诸将，事平则散归各卫。
八年，改在京留守都卫为留守卫指挥使司，在外都卫为都指挥使司，凡十三：北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广西、辽东、河南。又行都指挥使司二：甘州、大同。俱隶大都督府。九年，选公、侯、都督、各卫指挥嫡长次子为散骑、参侍舍人，隶都督府，充宿卫，或署各卫所事。十三年，丞相胡惟庸谋反诛，革中书省，因改大都督府为五，分统诸军司卫所。明年，复置中都留守司及贵州、云南都指挥使司。十五年三月，颁军法定律。十六年，诏各都司上卫所城池水陆地里图。二十年，置大宁都指挥使司。是年，命兵部置军籍勘合，载从军履历、调补卫所年月、在营丁口之数，给内外卫所军士，而藏其副于内府。三十年，定武官役军之制：指挥、同知、佥事四，千户三，百户、镇抚二，皆取正军，三日一番上，下直归伍『操』练。卫所直厅六，守门二，守监四，守库一，皆任老军，月一更。
建文帝嗣位，置河北都司、湖广行都司。文皇入立，皆罢之，而升燕山三护卫为亲军，并建文时所立孝陵卫，皆不隶五府。后诸陵设卫皆如之。移山西行都司所属诸卫军于北平，设卫屯种。永乐元年，罢北平都司，设留守行后军都督府，迁大宁都司于保定。明年，更定卫所屯守军士。临边险要者，守多于屯。在内平僻，或地虽险要而运输难至者，皆屯多于守。七年，置调军勘合，以勇、敢、锋、锐、神、奇、精、壮、强、毅、克、胜、英、雄、威、猛十六字，编百号。制敕调军及遣将，比号同，方准行。十八年，北京建，在南诸卫多北调。宣德五，年从平江伯陈瑄言，以卫官职漕运，东南之卒由是困。八年，减卫军余丁，正军外每军留一，余悉遣归。已，复以幼军备『操』者不足，三丁至七八丁者选一，余听治生，给军装。正军有故，即令补伍，毋再勾摄。
当是时，都指挥使与布、按并称三司，为封疆大吏。而专阃重臣，文武亦无定职，世犹以武为重，军政修饬。正德以来，军职冒滥，为世所轻。内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵官领敕于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。
崇祯三年，范景文以兵部侍郎守通州，上言：“祖制，边腹内外，卫所棋置，以军隶卫，以屯养军。后失其制，军外募民为兵，屯外赋民出饷，使如鳞尺籍，不能为冲锋之事，并不知带甲之人。陛下百度振刷，岂可令有定之军数付之不可问，有用之军糈投之不可知？”因条上清核数事，不果行。
初，洪武二十六年定天下都司卫所，共计都司十有七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。及成祖在位二十余年，多所增改。其后措置不一，今区别其名于左，以资考镜。
○ 上十二卫
金吾前卫 金吾后卫 羽林左卫 羽林右卫 府军卫 府军左卫
府军右卫 府军前卫 府军后卫 虎贲左卫 锦衣卫 旗手卫
◎五军都督府所属卫所
◎左军都督府
○ 在京 凡本府在京属卫，曾经永乐十八年调守北京者，各注其下曰“调北京”，其年月不重出。后四府同。
留守左卫 调北京 镇南卫 调北京 水军左卫 骁骑右卫 调北京 龙虎卫 调北京 英武卫 沈阳左卫 调北京 沈阳右卫 调北京
○ 在外
△浙江都司
杭州前卫 杭州右卫 台州卫 宁波卫 处州卫 绍兴卫 海宁卫 昌国卫温州卫 临山卫 松门卫 金乡卫 定海卫 海门卫 盘石卫 观海卫 海宁千户所 衢州千户所 严州千户所 湖州千户所
△辽东都司
定辽左卫 定辽右卫 定辽中卫 定辽前卫 定辽后卫 铁岭卫 东宁卫沈阳中卫 海州卫 盖州卫 金州卫 复州卫 义州卫 辽海卫 三万卫 广宁左屯卫 广宁右屯卫 广宁前屯卫 广宁后屯卫 广宁中护卫 后改为屯卫
△山东都司
青州左护卫 后为天津右卫 青州护卫 革 兖州护卫 革 兖州左护卫 后为临清卫 登州卫 青州左卫 莱州卫 宁海卫 济南卫 平山卫德州卫 后改属后府 乐安千户所 后改名武定，属后府 胶州千户所 诸城千户所 滕县千户所
◎右军都督府
○ 在京
虎贲右卫 调北京 留守右卫 调北京 水军右卫 武德卫 调北京 广武卫
○ 在外
△云南都司
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 金齿卫 洱海卫 蒙化卫 马隆卫 改云南右护卫，革 平夷卫 越州卫 六凉卫 鹤庆千户所 革
△贵州都司
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 层台卫 革 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫 黄平千户所
△四川都司
成都左护卫 成都右护卫 后为龙虎左卫，隶南京左府 成都中护卫 后为豹韬左卫，隶南京前府 成都左卫 革 成都右卫 成都前卫 成都后卫成都中卫 宁川卫 茂州卫 建昌卫 后属行都司 **卫 叙南卫 苏州卫 后为宁番卫，属行都司，革 泸州卫 松潘军民指挥使司 岩州卫 革 青川千户所 威州千户所 大渡河千户所
△陕西都司
西安左护卫 后为神武右卫 西安右护卫 西安中护卫 后为神武前卫 西安左卫 西安右卫 改西安中护卫 西安前卫 西安后卫 华山卫 改西安左护卫，又改神武右卫 泰山卫 改西安右护卫 延安卫 绥德卫 平凉卫 庆阳卫 宁夏卫 临洮卫 巩昌卫 西宁卫 后属行都司 汉中卫 凉州卫 后属行都司 庄浪卫 后属行都司 兰州卫 秦州卫 岷州军民指挥使司洮州卫 河州军民指挥使司 甘肃卫 后为甘州后卫 山丹卫 后属行都司 永昌卫 后属行都司 凤翔千户所 金州千户所 宁夏中护卫 西河中护卫 后改云南中护卫，革
△广西都司
桂林左卫 后为广西护卫 桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 梧州千户所
○ 中军都督府
○ 在京
留守中卫 调北京 神策卫 调北京 广洋卫 应天卫 调北京 和阳卫 调北京 牧马千户所调北京
○ 在外
△直隶
扬州卫 和州卫 后改为宁夏中屯卫，革 高邮卫 淮安卫 镇海卫 滁州卫 太仓卫 泗州卫 寿州卫 邳州卫 大河卫 沂州卫 金山卫 新安卫苏州卫 仪真卫 徐州卫 安庆卫 宿州千户所
△中都留守司
凤阳右卫 凤阳中卫 皇陵卫 凤阳卫 留守左卫 留守中卫 长淮卫 怀远卫 洪塘千户所
△河南都司
归德卫 后属中府 陈州卫 弘农卫 汝宁卫 后改千户所，属中府 潼关卫 后属中府 河南卫 睢阳卫 宣武卫 信阳卫 彰德卫 武平卫 后属中府 南阳卫 宁国卫 后为涿鹿卫，后属后府 怀庆卫 宁山卫 后属后府 颍州卫 安吉卫 后为通州卫亲军 颍上千户所 河南左护卫 河南中护卫 河南右护卫 三护卫后并彭城卫
◎前军都督府